Här på Östersjöcentrum finns en betydande kompetens inom marin matematisk modellelering. Här finns Baltic Nest Institute (BNI) med beslutsstödssystemet Nest, men även andra projekt där modeller ligger till grund för en ökad förståelse av förändringar, uppskatta scenrarior för framtiden och ge underlag till beslut inom havsförvaltningen. 

Baltic Nest Institute (BNI) är en internationell forskningsallians mellan Stockholms universitets Östersjöcentrum, Havs- och vattenmyndigheten, Århus universitet och Finlands miljöcentral (SYKE). Baltic Nest Institute är värd för modellen Nest, ett beslutsstödssystem som syftar till att underlätta adaptiv förvaltning av Östersjöns ekosystem.

Destony är ett av Bonus syntesprojekt där BNI Sverige deltar tillsammans med Finlands miljöcentral (SYKE), Århus universitet och Leibniz-universitetet för Östersjöforskning Warnemünde. Målet är att sammanställa de beslutstödssystem (Decision Support Tools) som tagits fram för Östersjöns förvaltning och kartlägga vilka behoven är av nya verktyg framöver.

Projektet pågår 2018-2020.

Målet med projektet ClimeFish, som finansieras av EU-programmet Horizon 2020, är att stödja ett hållbart fiske, möjliggöra en ökning av akvakulturproduktionen i Europa och underlätta regional utveckling inom den sektorn. Man ska också utveckla verktyg för prognoser och förvaltning kopplade till klimatförändringarna.
Inom projektet simuleras tillväxten av de viktigaste odlade och viltfångade fisk- och skaldjursarterna i Europa under IPCC-scenarierna RCP4.5 och 8.5.

Bonus-projektet BLUEWEBS (2017-2020) undersöker utvecklingen och konsekvenserna av ny näringsväv genom nya former av dataanalys. Projektet ska ta fram verktyg för en ekosystembaserad förvaltning, såsom deskriptorer för Ramdirektivet om en marin strategi. Stockholms universitet deltar i projektet tillsammans med aktörer i Finland, Tyskland, Polen och Lettland.
 

Projektet BalticAPP (2015-2018) fokuserade på att hitta långsiktiga strategier för att trygga tillförseln av marina ekosystemtjänster i framtiden. Detta gjordes genom att använda dynamiska ekosystemmodeller i kombination med empiriska data som tillsammans länkade mänsklig påverkan, ekosystemfunktion och mänsklig nytta. Förutom BNI Sverige medverkade forskare från Danmark, Polen och Tyskland i projektet.

Inom det Bonus-finansierade projektet Blueprint utvecklades modellen BALTSEM (BAltic Sea Long-Term large Scale Eutrophication Model) till att inkludera bakteriella processer. Arbetet inkluderade fältstudier, experiment, bioinformatik och modellering.

Projektet pågick 2014-2018.

Projektet COCOA pågick under åren 2014-2017 och finansierades av EU-programmet Bonus. Baltic Nest Insitute Sverige deltog i projektet med den huvudsakliga uppgiften att upprätta en databas med grundinformation om samtliga Östersjöns kustområden och bidra till kvantifieringar av filterfunktionen baserat på empiriska data, mätningar och modeller.